Tudo bem que meu processador é até modesto, um Intel Atom 330 a 1.6GHz, com 2GB de RAM, mas nem por isso devia estar tão lento assim.
Resolvi dar uma olhada no consumo de memória e para minha surpresa o programa sozinho, sem estar executando nenhuma função (compilando, linkando, etc) opupa 790Mbytes (sic!) da SRAM e 25% da CPU.
Vou experimentar outras ferramentas, como CooCox, ou até mesmo usar a linha de comando, porque o Atmel Studio 6 é SEM CONDIÇÕES!!!
PS: outro que estou quase desinstalando pelo mesmo motivo é o DropBox, que está consumindo quase 100MBytes e faz o micro ficar uma carroça para iniciar. Péssimo!!